生态农业系统由植物细胞、微生物、畜牧养殖，发酵堆肥单元与沼气、种植和畜牧养殖单元相互供给，微生物单元消耗和供给，种植单元、畜牧单元、发酵堆肥单元和沼气单元形成沼气生产循环。

　　种植单元生产的植物作为畜牧单元的食物，种植单元剩余的杆、皮、根、杂草、食用菌混合生产，畜牧单元的食用菌废渣、废弃物、畜禽粪便混合进入发酵堆肥单元，发酵堆肥单元和沼气单元组合生产沼气和堆肥，其中种植单元包括蔬菜种植单元、牧草种植单元和水果种植单元。

　　蔬菜种植单元是在微生物单元中与食用菌轮作种植蔬菜，牧草和水果的种植单元为牧草和水果间作，沼气单元为至少一个沼气池，发酵堆肥单元是通过管道与沼气单元连接的发酵罐。

　　设置发酵堆肥单元和沼气单元：至少设置一个9-12m沼气池和发酵罐，沼气池和发酵罐通过管道连接，管道上安装阀门和泵。